免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）的局限性主要包括：可能檢測不到低親和力和瞬間的相互作用：低親和力和瞬間的蛋白質-蛋白質之間的相互作用可能檢測不到，這可能導致某些重要的相互作用被遺漏。不能確保直接相互作用：免疫共沉淀不能保證沉淀的蛋白復合物是由直接相互作用的兩種蛋白組成。兩種蛋白質的結合可能不是直接結合，而可能有第三者在中間起橋梁作用。靈敏度限制：免疫共沉淀的靈敏度不如某些其他技術，如親和色譜，這可能影響到對低豐度蛋白或微弱相互作用的研究。樣本純度要求高：如果將蛋白復合物直接進行質譜分析，需要得到較高純度和濃度的蛋白復合物樣品，這并非易事，并且成本較高。對抗體要求高：用于免疫共沉淀的抗體不是總是與操作相合適，與Western blotting或者 ELISA相比容易出現假陽性反應。免疫共沉淀實驗步驟主要包括幾個部分。新疆CoIP-Mass
免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的用于研究蛋白質相互作用的經典方法。是確定兩種蛋白質在完整細胞內生理性相互作用的有效方法。當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內存在的許多蛋白質－蛋白質間的相互作用被保留了下來。當用預先固化在agarose beads上的蛋白質A的抗體免疫沉淀A蛋白，那么與A蛋白在體內結合的蛋白質B也能一起沉淀下來。再通過蛋白變性分離，對B蛋白進行檢測，進而證明兩者間的相互作用。這種方法得到的目的蛋白是在細胞內與興趣蛋白天然結合的，符合體內實際情況，得到的結果可信度高。這種方法常用于測定兩種目標蛋白質是否在體內結合；也可用于確定一種特定蛋白質的新的作用搭檔。新疆CoIP-MassCo-IP外源檢測靈敏可控但難模擬體內環境，內源檢測真實但背景復雜，選擇需權衡實驗目的！
CoIP-Mass和CoIP-WB優劣勢：優勢：高通量獲得目的蛋白的專屬蛋白互作庫。劣勢：CoIP的蛋白庫魚龍混雜，包含目的蛋白的直接/間接互作蛋白，非特異結合，殘留蛋白。常規理想IP-Mass項目可鑒定到1000-2000個蛋白，其中絕大部分是非特異性結合及清洗殘留的背景蛋白，導致CoIP-Mass假陽性高，CoIP-WB驗證成功率低，導致研發進展反復跌宕，時間和經費成本占用較大，嚴重影響士氣。其次，項目受限于蛋白表達量和IP抗體有效性，達到理想狀態的CoIP-Mass較難，同時分析門檻較高。因此，該項目成功實施，比較依賴成熟和有分析經驗的團隊。建議整包交給專業的服務商開展檢測。
Co-IP（免疫共沉淀）技術的基本原理是基于抗原與抗體之間的特異性結合，從而實現對蛋白質相互作用的研究。在Co-IP實驗中，研究人員使用特異性抗體與目標蛋白結合，形成抗原-抗體復合物。這個復合物隨后被吸附到固化了蛋白A或G的支持物上，由于這些蛋白具有吸附抗體的能力，因此相應的抗原分子及其相互作用蛋白質也被一同吸附。這個過程稱為沉淀。接下來，未被沉淀的蛋白質通過緩沖液的流洗被去除，確保只有與目標蛋白特異性結合的蛋白質被保留下來。這些被沉淀的蛋白質復合物隨后被洗脫下來，并通過特定的檢測方法進行分析，從而證實蛋白質之間的相互作用。Co-IP技術為深入研究蛋白質相互作用提供了有力工具，有助于揭示蛋白質的功能和調控機制。Co-IP內源檢測需注意抗體選擇、實驗條件、樣本處理及驗證，確保結果準確可靠！
在CoIP（免疫共沉淀）實驗中，對照組的設計對實驗結果尤為重要，陽性對照組設計建議如下：1. 已知相互作用蛋白對照組：如果可能的話，使用已知與誘餌蛋白相互作用的蛋白作為陽性對照。這可以驗證實驗條件的可行性，以及抗體和實驗方法的可靠性。2. 設置過量誘餌蛋白對照組：通過加入過量的誘餌蛋白，可以驗證靶蛋白與誘餌蛋白之間的相互作用是否具有飽和性。如果加入過量誘餌蛋白后，靶蛋白的結合減少或消失，則表明相互作用具有飽和性。免疫共沉淀研究蛋白互作，高特異靈敏，簡便兼容，揭示生物奧秘！新疆CoIP-Mass
Co-IP和ChIP實驗對象有什么區別。新疆CoIP-Mass
CoIP-Mass和CoIP-WB檢測要點：
試驗設計：盡量進行試驗組別設計和進行生物學重復檢測，提高后續驗證的陽性率。常規過表達單組（AbIPvsIgGIP）；動態互作組學（實驗組vs對照組vsIg組）。根據目的設計適當的生物學重復。如果后續以CoIP-Mass數據進行互作組標準分析，則需要3-4組生物學重復；如果后續以尋找關鍵互作蛋白，進行機制深入研究，則建議1-2次生物學重復。經驗顯示單次重復假陽性率90%。
蛋白表達和細胞量：細胞用量要求大(2-10e7細胞量），建議不少于5e7（金標準：320g離心細胞量50μl，保障項目用量）。低表達蛋白，建議使用過表達組進行檢測。蛋白表達可根據WB結果或初步根據數據庫判定（ProteomicsDB；HumanProteinAtlas）。 新疆CoIP-Mass