轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲取，目前已有多種技術(shù)策略被開發(fā)報(bào)道， 如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技術(shù)，通過將包含空間位置信息的條形碼、UMI 標(biāo)簽、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上，來捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉(zhuǎn)錄本，并獲取全轉(zhuǎn)錄組水平的基因表達(dá)及位置信息。一些無需成像即可計(jì)算重建空間基因表達(dá)模式所需信息的技術(shù)也被開發(fā)了出來，其中之一就是是 DNA 顯微技術(shù)，它記錄 cDNA 之間的接近度，該信息可用于重建轉(zhuǎn)錄本之間的相對位置。除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化，將為開發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)地圖集提供廣闊的前景。江西空間轉(zhuǎn)錄組

1. 空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個(gè)組織切片中的所有mRNA?？臻g條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細(xì)胞RNA測序或組織樣本RNA測序，均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置的轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。福建空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)重點(diǎn)為特殊的載玻片。

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的是根據(jù)每個(gè)芯片上每個(gè) spot 的基因表達(dá)信息進(jìn)行聚類，然后將 spot 根據(jù)坐標(biāo)位置序列放回到組織的圖像上，同時(shí)可以對每個(gè) gene 在組織上表達(dá)的空間位置進(jìn)行定位。獲得測序數(shù)據(jù)后，首先利用 Space Ranger  軟件可以自動化的對圖像進(jìn)行處理、數(shù)據(jù)比對和 Barcode 處理。另外一個(gè)軟件 Loupe Cell Browser 是一個(gè)適用于 Windows 和 MacOS 的桌面應(yīng)用程序，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium 數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。

許多當(dāng)前時(shí)代空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的基礎(chǔ)都是在自七十年代以來的幾十年間建立的。例如，于1976 年首先使用紫外線激光來切割組織。當(dāng)前流行的技術(shù)，例如空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（ST）和 10X Visium 依靠這種微陣列技術(shù)，區(qū)別就在于是從放置在微陣列載玻片上的組織上而不是從溶液中來捕獲轉(zhuǎn)錄本信息。當(dāng)前時(shí)代的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)大致分為五類方向：激光顯微切割（LCM），單分子熒光原位雜交（smFISH），靶向原位測序（ISS），原位陣列捕獲和 其他非成像技術(shù)。結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息。

10x Genomics 公司提供的 Visium 空間基因表達(dá)解決方案是目前***一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案巧妙的將單細(xì)胞測序技術(shù)原理和組織切片染色結(jié)合在一起，從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組 mRNA 的表達(dá)情況，同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息。空間轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的顯微解剖技術(shù)通常分為兩類：機(jī)械和光學(xué)。前者包括 Tomo-seq 等，通過沿感興趣軸，利用冷凍切片機(jī)進(jìn)行組織切片，然后在每個(gè)切片上均進(jìn)行 RNA 測序。10x 提供的載玻片分為兩種：用于摸索組織比較好透化時(shí)間的組織優(yōu)化玻片和用于正式實(shí)驗(yàn)的基因表達(dá)玻片。10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案。海南歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)

轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲取，?如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)。江西空間轉(zhuǎn)錄組

歐易生物高級技術(shù)支持陳老師首先給大家介紹了空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的發(fā)展歷程、測序流程及原理。緊接著，歐易生物技術(shù)支持姚老師針對目前空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)表的一系列高分文章進(jìn)行了方案設(shè)計(jì)的解析。姜老師給大家詳細(xì)介紹了空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目樣本準(zhǔn)備、切片、貼片等實(shí)驗(yàn)過程及注意事項(xiàng)，并帶領(lǐng)大家到實(shí)驗(yàn)室實(shí)地觀摩了整個(gè)實(shí)驗(yàn)過程，并就其中細(xì)節(jié)進(jìn)行了講解。董老師針對空間轉(zhuǎn)錄組10x Space Ranger的分析原理及結(jié)果進(jìn)行了詳細(xì)解析，并介紹了使用Seurat包進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘的標(biāo)準(zhǔn)分析流程。江西空間轉(zhuǎn)錄組

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司專注技術(shù)創(chuàng)新和產(chǎn)品研發(fā)，發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大。公司目前擁有專業(yè)的技術(shù)員工，為員工提供廣闊的發(fā)展平臺與成長空間，為客戶提供高質(zhì)的產(chǎn)品服務(wù)，深受員工與客戶好評。公司業(yè)務(wù)范圍主要包括：科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢等。公司奉行顧客至上、質(zhì)量為本的經(jīng)營宗旨，深受客戶好評。公司憑著雄厚的技術(shù)力量、飽滿的工作態(tài)度、扎實(shí)的工作作風(fēng)、良好的職業(yè)道德，樹立了良好的科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢形象，贏得了社會各界的信任和認(rèn)可。