蛋白質組學技術研究案例：作為一種常見的******，脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)在田間或加工和儲存過程中會污染谷物和飼料。DON在動物中會引起厭食和生長遲緩在內的一系列不良反應。本文作者使用轉錄組學和蛋白質組學技術對鼠C2C12細胞進行了研究，分析DON對成肌細胞分化的影響。研究結果表明，DON通過下調細胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號通路來影響成肌細胞的分化。本文研究體現了組學技術在機制研究中的重要作用。中文標題：霉菌***脫氧雪腐鐮刀菌烯醇通過下調細胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號通路影響成肌細胞分化研究對象：脫氧雪腐鐮刀菌烯醇、C2C12細胞發表期刊：EcotoxicologyandEnvironmentalSafety影響因子：6.291發表時間：2021年10月發表單位：中國科學院上海營養與健康研究所運用生物技術：轉錄組學和蛋白質組學(由歐易/鹿明生物提供技術支持)、免疫熒光、免疫印跡、PCR一站式服務,蛋白組學研究不同生物體在不同時刻/狀態下蛋白質表達的變化。北京蛋白組學meta分析

運用生物技術：磷酸化蛋白質組學（歐易鹿明提供）：2022年1月，***醫學研究院生物工程研究所鐘輝研究員、魏從文副研究員和秦成峰研究員，廣西醫科大學附屬**醫院吳飛翔教授等為共同通訊作（一作：萬祿明、鄧永強、柯躍華、麻恩浩、楊歡、林浩天）在Nature Metabolism期刊發表的題為“GP73 is a glucogenic hormone contributing to SARS-CoV-2-induced hyperglycemia”的研究成果，通過磷酸化蛋白質組學、LC-MS靶向代謝組學等研究方法，發現了一個全新的糖異生調控***——GP73，***會誘導GP73的產生和分泌，從而導致過度的糖異生。浙江蛋白組學和代謝組學的區別蛋白驗證新技術-PRM,平行反應監視蛋白組學。

為了驗證iTRAQ標記蛋白組學分析測定的蛋白積累變化，選擇兩種蛋白進行westernblot分析。如圖4A所示，iTRAQ分析中兩種蛋白(RPD3和VMA3)的積累每次均與westernblot數據一致。RPD3、TOR1、VMA3和VAC8在基因水平上的相對表達量與蛋白水平相似，在BF的菌絲中也表達上調(圖4B-D)。VAC8在2－1、3－1、4－1組的基因水平上高度上調。這些結果表明，這些上調的表達蛋白可能是香菇BF形成的重要蛋白。本研究利用標記定量(iTRAQ)蛋白質組學、基于氣相色譜-質譜的代謝組學GC-MS非靶向代謝組學和透射電鏡分析細胞結構，研究了香菇菌絲后熟轉色形成的機制，并且***證明氧化應激和自噬過程是至關重要，為后續進一步的研究提供了新的見解。

并通過蛋白質組學和時間序列分析在血管生成中發揮著關鍵作用（圖3E）。時間序列分析表明，外出刺激后ICAM1表達增加（圖3F）。此外，當ICAM1在HBMECs中時，血管形成容量***降低（圖3I/j）。這些結果表明M-Exos通過增加HBMECs中的ICAM1的表達來調節血管生成。蛋白質組學分析發現的差異表達蛋白與多種神經退行性疾病相關，包括帕金森病、阿爾茨海默病和亨廷頓病(圖6B)。本研究運用蛋白質組學，蛋白質印跡，免疫熒光、免疫組化等分析了源自MSCs的外泌體可以使人腦微血管內皮細胞(HBMECs)保持活躍狀態，有利于血管生成。應用PD小鼠模型發現MSCs的外泌體可以促進PD的恢復。結果可以為MSCs衍生的外泌體在PD***方面提供可能性。單細胞蛋白質組學，極微量樣本檢測。

通過磷酸化蛋白質組定量鑒定了1244個磷酸化蛋白質，其中474個（38%）在**組織中***增加，183個（15%）***下降。三種蛋白亞型中磷酸化蛋白組學的比較結果揭示了亞型特異性的活性激酶。進一步對差異改變的磷酸化位點的研究顯示，在S-I中觀察到參與黏附的底物升高和參與RNA轉運的底物減少。而基于timsTOF Pro離子淌度4D蛋白質組技術，是對蛋白組學+磷酸化組學的雙重升級，可實現快速采集、更高的靈敏度和特異性，**臨床蛋白質組學在定性數量更多、定量更準確、位點鑒定更精確、樣本需求量更低、檢測周期更短等性能上***提升，從蛋白質表達和修飾雙重角度更好地發揮發掘分子調控機制、發現疾病分子分型以及發掘生物標志物等多重作用。蛋白組學常見研究模式,蛋白樣本準備注意事項以及經典案例解讀。內蒙古蛋白組學測序調整閾值

蛋白質組學生物標志物&機制研究一站式服務。北京蛋白組學meta分析

本研究采用串聯質量標簽（TMT）標記的蛋白質組學和平行反應監測（PRM）技術，對蓮子脫水過程中的生理調控網絡進行了深入研究表明，碳水化合物代謝（包括糖酵解/糖異成、半乳糖代謝、淀粉和蔗糖代謝、磷酸戊糖途徑和細胞壁組織）、ER中的蛋白質加工、DNA修復和抗氧化事件對蓮種胎脫水有積極的反應。在蓮種胚脫水過程中，非酶促抗氧化劑和戊糖磷酸和維生素E作為主要的抗氧化劑，在脫水過程中維持荷花胚胎的REDOX平衡。這些結果為揭示荷花胚胎脫水保護機制的生理學調控網絡提供了酶途徑在抗氧化保護中起著主要作用。應激生理學檢測表明，H2O2是誘發氧化應激損傷的主要活性氧（ROS）成分，谷胱甘肽新的見解。北京蛋白組學meta分析

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