轉錄組學和蛋白質組學分析作者通過轉錄組學和蛋白質組學分析暴露于DON的C2C12細胞的差異基因（DEG）。轉錄組學鑒定了2387個DEG，其中72%被下調。蛋白質組學鑒定出402個DEG，其中74%被下調。GO和KEGG通路富集分析表明，轉錄組學DEGs參與了“男性主要性征的發育”、“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“骨骼肌收縮的調節”等生物學過程。**富集的通路是“ECM-受體相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白質消化吸收”。蛋白質組學分析中，富集到了“肌肉收縮”、“中間絲解聚”和“脂質轉運”等生物學過程。細胞成分中富集到“細胞骨架”、“細胞外基質”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、卡那霉素和慶大霉素生物合成”、“系統性紅斑狼瘡”、“ECM-受體相互作用”和“蛋白質消化和吸收”。前兩條通路與上調的DEG相關，而后兩條通路與下調的DEG相關，這與轉錄組學結果一致。靶向蛋白質組學，信號通路蛋白靶點高通量分析。吉林外泌體 蛋白組學
3篇經典的蛋白組學和代謝組學在水產動物中的研究。水產動物的研究不僅是保障我國海水養殖業的健康可持續發展，同時可為良種創制、海洋環境研究、生態研究等提供重要理論基礎和技術支撐~因此在水產生物研究方面蛋白組學、代謝組學在其中起到什么作用呢？期望這3篇經典文章能給您思路~中文標題：CO2誘導的海洋酸化損害了太平洋牡蠣對金氏弧菌的免疫功能:細胞和蛋白質組學的綜合研究研究對象：牡蠣發表期刊：ScienceoftheTotalEnvironment影響因子：6.551合作單位：中國科學院海岸帶研究所運用歐易/鹿明生物技術：iTRAQ標記定量蛋白質組學（由鹿明生物提供技術支持）山東蛋白組學質譜檢測原理label free蛋白組學蛋白質組學原理。
采用TMT標記定量蛋白質組學技術對三個脫水特殊階段（21、27和40DAP）的新鮮蓮種胎進行了蛋白質組學分析，共鑒定了5,477個蛋白質。對測試樣本進行了PCA分析，結果顯示，不同組間樣品具有很好的區分，每組的三個重復樣本被聚集在一起。PCA的前兩個成分占總方差的70％以上（圖2A）。三個試驗組之間共有815個差異表達蛋白。其中，198個（32%）和198個（26%）蛋白質豐度增加，而420個（68%）和558個（74%）蛋白質豐度在27DAP和40DAP組分別下降（圖2B）。只有30個蛋白質的豐度在27DAP和40DAP組之間具有***變化（圖2C）。
作者運用iTRAQ標記定量蛋白組學對種子發育過程中蛋白質表達的定量比較，同時進行GO和KEGG通路富集分析。結果表明所有鑒定的蛋白被分為29類，主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對比較中，普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中，參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非常活躍。為了評估轉錄組和蛋白質組之間的一致性，以及了解轉錄后的mRNA在蛋白質水平上是如何表現的，作者進行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。蛋白組學方案為組學研究涉及的樣本獲取,前處理,數據采集到分析的各個環節提供自動化。
蛋白質是生命活動的主要執行者，而蛋白質磷酸化修飾是生物體內**重要的共價修飾方式之一，真核生物體內有超過三分之一的蛋白可以發生磷酸化修飾。蛋白質的磷酸化和去磷酸化這一可逆過程調節著包括細胞增殖、發育、分化、信號轉導、細胞凋亡、神經活動、肌肉收縮及**發生等過程在內的所有生命活動。單一的磷酸化蛋白質組學只能解釋蛋白磷酸化水平發生的變化，而[黃金搭檔]——蛋白質組與磷酸化蛋白質組聯合分析，則在揭示疾病相關特性、篩選疾病生物標志物、尋找藥物靶點等方面發揮了更加重要的作用。蛋白組學，研究方法，高通量定性定量研究,有。山東蛋白組學質譜檢測原理
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為了驗證TMT蛋白組學數據，作者選擇了18個與蓮種胚脫水保護功能密切相關的候選DEPs進行PRM蛋白靶向驗證。PRM鑒定了18個候選DEPs。這些蛋白質的表達模式在PRM和TMT的定量結果之間顯示出類似的趨勢。然而，PRM檢測到的蛋白豐度的倍數變化值要大于TMT數據。這一結果在很大程度上支持了TMT數據的可靠性。基于TMT標記定量蛋白質組學的生物信息學分析，對脅迫生理指標進行了測定，以驗證蓮種胚脫水的保護機制。在快速脫水階段，REC和MDA含量的變化與RWC相反，它們的水平迅速增加（圖6A，B）。ABA含量在快速脫水和脫水成熟階段前略有增加（圖6C）。上吉林外泌體 蛋白組學
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