免疫沉淀（IP）實驗中抗體的選擇非常關鍵，因為抗體的特異性和親和力直接影響到實驗的成功與否。
1. 特異性：抗體應當對目標蛋白具有高度的特異性，以避免與其他蛋白發生非特異性結合，導致假陽性結果。
2. 親和力：抗體對目標蛋白的親和力要足夠高，以確保在免疫沉淀過程中能夠有效地捕獲目標蛋白。
3. 抗體類型：單克隆抗體和多克隆抗體都可以用于IP實驗。單克隆抗體提供更高的特異性和批間一致性，而多克隆抗體可能提供更強的結合能力和更廣的表位覆蓋。
4. 應用驗證：選擇已經過免疫沉淀（IP）或相關應用（如Western blot, IHC）驗證的抗體，這增加了實驗成功的可能性。
5. 供應商信息：選擇信譽良好的抗體供應商，并查看供應商提供的技術數據和客戶評價，以幫助做出決策。
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免疫沉淀技術（Immunoprecipitation, IP）是一種用于研究蛋白質相互作用和純化特定蛋白質的實驗方法。
優點:
1. 特異性強：利用特異性抗體捕獲目標蛋白，可以有效地從復雜的生物樣本中分離出感興趣的蛋白質。
2. 靈敏度高：可以檢測到低豐度的蛋白質，包括瞬態或弱相互作用的蛋白質復合物。
3. 應用范圍廣：適用于多種生物樣本，如細胞裂解物、組織提取物和生物流體。
4. 生物學洞察深入：能夠揭示蛋白質之間的相互作用網絡，有助于理解細胞內的信號傳遞和調控機制。
5. 可與其他技術聯用：如與質譜（IP-MS）聯用，可以準確鑒定蛋白質及其相互作用伙伴。
缺點:
1. 對抗體依賴性高：需要高親和力和高特異性的抗體，抗體的質量直接影響實驗結果。
2. 可能存在非特異性結合：樣本中的其他蛋白質可能與抗體或固相支持物發生非特異性結合，導致背景噪音。
3. 可能影響蛋白質的天然狀態：裂解和沉淀過程可能會改變蛋白質的構象和功能。
4. 實驗重復性：需要多次實驗來確保結果的可重復性和可靠性。
5. 樣品處理：需要避免樣品降解和非特異性結合，這可能需要使用蛋白酶抑制劑和適當的緩沖液條件。
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“免疫沉淀”一般是指采用固定在固相支持物上的結合蛋白，進行小規模的蛋白質親和純化的實驗。更確切地說，IP是采用固定在微珠支持物(一般是瓊脂糖樹脂)上的特定抗體，從復雜的混合物中，純化單一抗原的實驗。固定化蛋白質復合物的組裝既可以分步進行，也可以一步完成。
常見的加樣順序：抗體和樣本(如細胞裂解物)一起孵育，然后加入親和微珠，用于捕獲抗體-抗原復合物。也可以將抗體和微珠(通過抗體結合蛋白，如蛋白A、G或A/G等，直接或間接結合抗體)先進行孵育，然后再加入含有抗原的樣本。當抗原、抗體和固相支持物產生結合以后，充分洗滌微珠，再采用適當的洗脫緩沖液從支持物上洗脫抗原。
免疫沉淀實驗步驟：
1. 樣品制備
a. 懸浮細胞樣品處理：離心收集細胞（4℃, 1000g, 5 min），用手指把細胞用力彈散。按照6孔板每孔細胞加入150-250 μL裂解液的比例加入含蛋白酶抑制劑的裂解液（裂解液應在使用前數分鐘內加入蛋白酶抑制劑Cocktail，使蛋白酶抑制劑Cocktail的終濃度為1×）。混勻后置于冰上處理10 min；離心收集上清液（4℃, 14000g, 10 min），置于冰上備用（或置于-20℃長期保存）。
b. 貼壁細胞樣品處理：移去培養基，用PBS清洗細胞兩遍；用細胞刮棒刮脫細胞，收集至1.5mL EP管內，按照6孔板每孔加入150-250 μL裂解液的比例加入含蛋白酶抑制劑的裂解液（裂解液應在使用前數分鐘內加入蛋白酶抑制劑Cocktail，使蛋白酶抑制劑Cocktail的終濃度為1×）。吹打數下，使裂解液和細胞充分接觸。混勻后置于冰上處理10 min；離心收集上清液（4℃, 14000g, 10 min），置于冰上備用（或置于-20℃長期保存）。
4. 后續：磁珠預處理——抗體吸附——抗原結合反應——抗體洗脫
免疫沉淀RIP技術選瓊脂糖珠還是磁珠？
免疫沉淀IP實驗中磁珠還是瓊脂糖珠的選擇取決于客戶實驗情況。
瓊脂糖珠海綿狀的結構 (直徑 50-150 μm) 可以結合抗體 (繼而結合靶蛋白) ，它能夠直接高效、快速結合抗體，而不需借助特殊的專業設備。瓊脂糖珠呈多孔結構，這使得它們擁有更大的表面積可與蛋白質相互接觸，具有更高的結合載量。
與瓊脂糖珠不同，磁珠是固體，抗體的結合限于磁珠的表面。磁珠 (直徑 1-4 μm) 明顯小于瓊脂糖珠 ，盡管磁珠沒有多孔中心增加結合能力，但每體積的磁珠數量比瓊脂糖珠多，使磁珠擁有足夠的抗體結合表面積滿足高容量的抗體結合。
簡而言之，瓊脂糖珠的結合能力較強，而磁珠在得率，可重復性以及自動化方面有明顯的優勢。
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免疫沉淀技術ChIP的優缺點是什么？RIP免疫沉淀技術服務
免疫沉淀技術（Immunoprecipitation, IP）的實驗方法通常包括以下步驟：
1. 樣本準備
2. 蛋白質濃度測定：使用BCA、Bradford或Lowry等方法測定裂解液中蛋白質的濃度。
3. 抗體預處理：如果使用預固定的抗體，需先將抗體固定在固相支持物上，如瓊脂糖珠或磁性微珠。
4. 免疫沉淀反應：將裂解液與特異性抗體（固定或未固定）混合，并在4°C下緩慢搖晃孵育過夜，以允許抗體與目標蛋白質充分結合。
5. 固相支持物的回收：對于未固定的抗體，加入與抗體特異性結合的蛋白A或蛋白G結合的固相支持物。
6. 洗滌：去除未結合的蛋白質和雜質，通常需要多次洗滌固相支持物。
7. 洗脫：使用適當的洗脫緩沖液（如加熱的SDS加載緩沖液或酸性緩沖液）從固相支持物上洗脫免疫復合物。
8. 后續分析：對洗脫的蛋白質進行SDS-PAGE電泳、Western Blot、質譜分析等，以進一步分析目標蛋白質。
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