免疫沉淀純化所得抗原純度低一般有多種原因：
1. 非特異性蛋白污染
如果洗脫所得抗原純度較低，則有幾種方法可以進行優化。在結合或洗滌緩沖液中加入去污劑或其他可以降低非特異性結合的組分。使用普通微珠預純化樣本還可以降低非目標分子的共純化。此外，還可以使用無關蛋白 (如BSA) 封閉微珠 。
2. 抗體污染
使用蛋白A、G或A/G的經典免疫沉淀實驗中會出現抗體與抗原共洗脫的情況。如果共洗脫會影響下游分析，則需要使用抗體通過共價連接固定至微珠的方法進行實驗，如Pierce 直接 IP 或交聯 IP 的形式。
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免疫沉淀（immunoprecipitation）是指利用抗體可與抗原特異性結合的特性，將抗原（常為靶蛋白）從混合體系沉淀下來，初步分離靶蛋白的一種方法。免疫共沉淀（coimmunoprecipitation）是一種在體外探測兩個蛋白分子間是否存在特異性相互作用的一種方法。其原理非常簡單，如果兩個蛋白在體外體系能夠發生特異性相互作用的話，那么當用一種蛋白的抗體進行免疫沉淀時，另一個蛋白也會被同時沉淀下來。與酵母雙雜交技術不同，免疫共沉淀技術所利用的是抗原和抗體間的免疫反應，是一種基于體外非細胞的環境中研究蛋白質與蛋白質的相互作用的方法。
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免疫沉淀IP實驗中磁珠還是瓊脂糖珠的選擇取決于客戶實驗情況。
瓊脂糖珠海綿狀的結構 (直徑 50-150 μm) 可以結合抗體 (繼而結合靶蛋白) ，它能夠直接高效、快速結合抗體，而不需借助特殊的專業設備。瓊脂糖珠呈多孔結構，這使得它們擁有更大的表面積可與蛋白質相互接觸，具有更高的結合載量。
與瓊脂糖珠不同，磁珠是固體，抗體的結合限于磁珠的表面。磁珠 (直徑 1-4 μm) 明顯小于瓊脂糖珠 ，盡管磁珠沒有多孔中心增加結合能力，但每體積的磁珠數量比瓊脂糖珠多，使磁珠擁有足夠的抗體結合表面積滿足高容量的抗體結合。
簡而言之，瓊脂糖珠的結合能力較強，而磁珠在得率，可重復性以及自動化方面有明顯的優勢。
免疫沉淀（ChIP）實驗中抗體的選擇非常關鍵，因為抗體的特異性和親和力直接影響到實驗的成功與否。
1. 特異性：抗體應當對目標蛋白具有高度的特異性，以避免與其他蛋白發生非特異性結合，導致假陽性結果。
2. 親和力：抗體對目標蛋白的親和力要足夠高，以確保在免疫沉淀過程中能夠有效地捕獲目標蛋白。
3. 抗體類型：單克隆抗體和多克隆抗體都可以用于IP實驗。單克隆抗體提供更高的特異性和批間一致性，而多克隆抗體可能提供更強的結合能力和更廣的表位覆蓋。
4. 應用驗證：選擇已經過免疫沉淀（ChIP）或相關應用（如Western blot, IHC）驗證的抗體，這增加了實驗成功的可能性。
5. 供應商信息：選擇信譽良好的抗體供應商，并查看供應商提供的技術數據和客戶評價，以幫助做出決策。
免疫沉淀技術Co-IP是什么？
免疫沉淀（Co-IP）實驗中抗體的選擇非常關鍵，因為抗體的特異性和親和力直接影響到實驗的成功與否。
1. 特異性：抗體應當對目標蛋白具有高度的特異性，以避免與其他蛋白發生非特異性結合，導致假陽性結果。
2. 親和力：抗體對目標蛋白的親和力要足夠高，以確保在免疫沉淀過程中能夠有效地捕獲目標蛋白。
3. 抗體類型：單克隆抗體和多克隆抗體都可以用于IP實驗。單克隆抗體提供更高的特異性和批間一致性，而多克隆抗體可能提供更強的結合能力和更廣的表位覆蓋。
4. 應用驗證：選擇已經過免疫沉淀（Co-IP）或相關應用（如Western blot, IHC）驗證的抗體，這增加了實驗成功的可能性。
5. 供應商信息：選擇信譽良好的抗體供應商，并查看供應商提供的技術數據和客戶評價，以幫助做出決策。
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免疫沉淀的原理是什么？深圳Co IP免疫沉淀磁珠原理
免疫共沉淀分析（Co-IP）與IP十分類似，基本的技術都是采用目標抗原特異性的固相化抗體；但IP的目標是純化單一抗原，而Co-IP旨在分離抗原及與抗原結合的蛋白質或配體。
在Co-IP實驗中，已知抗原稱為誘餌蛋白，與之結合的蛋白則稱為靶蛋白。靶蛋白可能是一些復雜的伴侶蛋白、信號分子、結構蛋白、輔助因子等，蛋白間相互作用強度范圍可能介于高度瞬時和十分穩定之間。
基本的Co-IP實驗方案與IP相同，實際上任何IP系統均可用于Co-IP。但是，還有許多其他因素需要考慮，例如，結合和洗滌條件的優化，優化時，需要考慮到誘餌蛋白-靶蛋白的相互作用強度以及抗體-誘餌蛋白的親和力。
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世途科生物簡介：
上海世途科生物科技有限公司是一家集研發、生產、銷售于一體的，為全球用戶提供生物試劑的生命科學企業。世途科生物（CYTOCH）匯集了一支由海內外KOL組成的研發團隊，他們在生物和化學領域擁有相當豐富的研發經驗，通過將化學與生物技術相結合，致力于現有技術難點突破、新技術研究，為相關科學研究者提供思路和解決辦法。
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