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上海SmalIRNA轉錄組學技術服務

來源: 發布時間:2022-01-23

轉錄組學應用于胃腸瘤轉移機制研究:circRNA是一種非編碼RNA,可以多種方式參與生物學功能,如細胞增殖、細胞周期、侵襲和轉移等。近年來研究發現,環狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結合蛋白參與轉錄后調控,從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復、凋亡、增殖、細胞轉運,以及介導瘤耐藥的細胞內酶,進而在瘤耐藥中發揮重要調節作用。有研究證實通過干擾環狀RNA的表達,可以提高瘤對藥物的敏感性,提示環狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點。轉錄組學可應用于植物生長機制的發現及干預。上海SmalIRNA轉錄組學技術服務

全轉錄組測序:狹義的轉錄組默認只包含mRNA,但是廣義的轉錄組指的是細胞或組織中所有轉錄產物的匯合,其中包含mRNA和非編碼RNA(non-codingRNA,ncRNA)。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調控功能的smallRNA(以miRNA為表示),長鏈非編碼RNA(longnon-codingRNA,lncRNA)和環狀RNA(circularRNA,circRNA)上,而這幾類ncRNA的調控對象都和mRNA有關。因此,全轉錄組即包含了ncRNAs和mRNA。全轉錄組測序即對以上四種ncRNA進行測序,并分析這四者之間復雜的相互作用關系。上海SmalIRNA轉錄組學技術服務轉錄學組測序是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具。

單細胞轉錄組學測試步驟:第1步就是把單個細胞分選出來。分選的方式也比較多,物理切割,酶消化,FACS分選等。假如已經分到了一個單細胞,跟常規的轉錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個細胞里的RNA含量是比較少的,難建庫成功。這個里面“量”的概念很有意思。比如說單細胞量少,需要特殊處理。因為單細胞里面RNA的量少,所以說整個富集的過程中會出現一部分基因在一個細胞里能檢測到,在另外一個細胞里面檢測不到,而每個細胞里面的檢測存在一個隨機性,同時單細胞測序深度比較低,所以說分析時相比于普通轉錄組有一些是需要特別注意,但整體的分析思路是類似的。

circRNA轉錄組學:是一類具有閉合環狀結構的非編碼RNA分子,沒有5′帽子結構和3′poly(A)結構,主要位于細胞質或儲存于外泌體中,不受RNA外切酶影響,表達更穩定且不易降解,已被證明普遍存在于多種真核生物體內[1]。大多數circRNA是由外顯子環化而成,也有部分circRNA是由內含子環化而成的套索結構。同時由于circRNA含有大量的miRNA應答原件(MREs),能與AGO蛋白形成RNA誘導沉默復合體(RISC)的催化關鍵,然后導致circRNA降解。根據來源,circRNA可大致分為四類:全外顯子型的circRNA,內含子和外顯子組合的EIcircRNA,內含子組成的套索型ciRNA,由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環化產生的circRNA。轉錄組具有組織特異性的特點。

轉錄組學為什么原核物種只能做有參轉錄組分析?由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區域、操縱子及多順反子,如果按照無參轉錄組分析策略進行組裝的話,難度較大,組裝結果存在較大風險。轉錄組學差異基因數目多少比較合理?不同的處理,不同的研究目標,差異基因的數目是不同的,從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數目是個位數或者上萬,那么就需要和分析人員溝通一下,查一查是否有問題。轉錄組學差異基因太多,注釋信息太雜亂,怎么挑選目標基因?對不同的差異組合進行維恩圖分析,挑選共有或者特有的差異基因作為后續的研究對象;根據前人的文獻報道,挑選相關差異基因,不要局限在自己研究的物種上。RNA-Seq轉錄組學有著巨大的應用前景。RNA轉錄組學分析研究

轉錄組學可應用于炎癥發生機制的發現及干預。上海SmalIRNA轉錄組學技術服務

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