全轉錄組測序為什么需要構建兩個文庫？全轉錄組測序需要構建2個測序文庫，一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫，然后分別上機測序。小RNA長度較短，一般小于50nt，采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上，可達幾萬，通過片段化構建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息，去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組學可以準確地識別可變剪切和融合基因。北京mRNA-seq轉錄組學鑒定

轉錄組學測序流程：1、樣品RNA準備。2、測序文庫構建。3、DNA成簇(Cluster)擴增。4、高通量測序(Illumina)。5、數據分析。轉錄組的分析大致有以下幾種情況：1、同一物種在發育過程中的各時間節點的基因表達特點及存在的差異；2、不同品系之間存在的差異表達基因；3、不同的外界條件處理，如細菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫，對基因表達的影響；4、同一個體，不同組織之間的基因表達差異。簡而言之，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。浙江轉錄組學研究方法轉錄組學可以直接測定每個轉錄本片段序列。

轉錄組學應用于胃腸瘤轉移機制研究：circRNA是一種非編碼RNA，可以多種方式參與生物學功能，如細胞增殖、細胞周期、侵襲和轉移等。近年來研究發現，環狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結合蛋白參與轉錄后調控，從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復、凋亡、增殖、細胞轉運，以及介導瘤耐藥的細胞內酶，進而在瘤耐藥中發揮重要調節作用。有研究證實通過干擾環狀RNA的表達，可以提高瘤對藥物的敏感性，提示環狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點。

RNA-Seq轉錄組學的應用：RNA-Seq即對轉錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數據自己進行后續的生信分析（質控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化。同一組織，不同物種：研究基因的進化關系。時間序列實驗：基因在不同時期的表達情況與發育的關系。基因分類：找到細胞特異，疾病相關，處理相關的基因表達模式，用于診斷疾病和預測等。基因網絡和通路：基因在細胞活動中的功能，基因間的相互作用。轉錄組學檢測范圍廣，高于6個數量級的動態檢測范圍。

全長轉錄組學測序：由于在轉錄組研究中通常所使用的第二代測序技術具有測序讀長的限制，因此在進行測序之前，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段，之后再通過與參考基因組比對或拼接的方式識別轉錄本，這就會造成一定的錯誤比例，同時在也很難區分單堿基水平的差異。全長轉錄組測序的優勢：1、全方面鑒定可變剪切；2、發現更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準確定位融合基因。研究思路：由于全長轉錄組測序是基于第三代測序技術，因而其成本依然較高，如果全部研究項目均基于全長轉錄組，通常來說很難承擔，因此，全長轉錄組測序一般與普通轉錄組測序相結合。轉錄組學是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科。哈爾濱全長轉錄學組技術

轉錄組學靈敏度高，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本。北京mRNA-seq轉錄組學鑒定

宏轉錄組學也稱為環境轉錄組學，指從整體水平上研究某一特定環境、特定時期菌群群體全部基因轉錄情況以及轉錄調控規律，以揭示微生物在不同環境壓力下的適應機制，探索環境與微生物之間的相互作用機理。其適用范圍包括人體微生態、環境、工業、農業等領域。宏轉錄組學以生態環境中的全部RNA為研究對象，避開了微生物分離培養困難的問題，能有效的擴展微生物資源的利用空間。應用領域：包括腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物。北京mRNA-seq轉錄組學鑒定

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