轉錄組學的概念：轉錄組是指特定組織或細胞在某一發育階段或功能狀態下轉錄出來的所有RNA的匯合，包括蛋白質編碼的信使RNA和非編碼RNA（rRNA、tRNA和其他ncRNAs），高通量測序技術也被稱為下一代測序（NGS）技術，推進了基因組學的研究進展。該項新技術除了研究靜態基因組，近年來也開始應用于動態轉錄分析，由此衍生的技術稱為RNA序列分析（RNA-seq）隨著DNA基因芯片技術的快速發展，開創了這個病癥近十年的高通量轉錄組研究。RNA-Seq技術可以從轉錄水平檢測瘤中的改變基因。通過相關軟件分析，鑒定相關改變基因在瘤發生的發展中所起的作用。然后經過刷選，進一步挑選出相關靶基因進行實驗研究，有望為瘤的基因醫治提供新的靶點。轉錄組學可應用于基因點突變及多態性檢測。山東高通量轉錄組學分析

單細胞轉錄組學基本概念：普通轉錄組的思路也可以應用到單細胞轉錄組。普通轉錄組相當于把一群細胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個細胞中RNA表達量的平均值。單細胞是把每個細胞單獨分出來去提取RNA，然后建庫測序，獲得是是單個細胞的表達值。在每個細胞里面基因的表達具有隨機性，且存在異質性。而且這些細胞群中會存在不同類型的細胞，尤其是當我們對整個組織進行測序時，它們本身就是由不同類型的細胞組成的，而我們用普通轉錄組來測序，相當于掩蓋住了這些不同的細胞類型的差異，展示的是整個組織的平均的狀態，所以說單細胞從這個來看跟普通轉錄組就不同在是用一個細胞測，不是用一堆細胞測。貴州宏轉錄學組分析轉錄組學測序包括mRNA和非編碼RNA。

全轉錄組測序為什么需要構建兩個文庫？全轉錄組測序需要構建2個測序文庫，一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫，然后分別上機測序。小RNA長度較短，一般小于50nt，采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上，可達幾萬，通過片段化構建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息，去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態下轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。

轉錄組學為什么原核物種只能做有參轉錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉錄組分析策略進行組裝的話，難度較大，組裝結果存在較大風險。轉錄組學差異基因數目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標，差異基因的數目是不同的，從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數目是個位數或者上萬，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題。轉錄組學差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標基因？對不同的差異組合進行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續的研究對象；根據前人的文獻報道，挑選相關差異基因，不要局限在自己研究的物種上。轉錄組學測序比其他研究方法有哪些優勢?

轉錄組學技術路線及研究意義：轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。相對于傳統的芯片雜交平臺，轉錄組測序無需預先針對已知序列設計探針，即可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測，提供更準確的數字化信號，更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍，是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具?；诟咄繙y序平臺的轉錄組測序技術能夠全方面獲得物種特定組織的轉錄本信息，從而進行基因表達水平研究、新轉錄本發現研究、轉錄本結構變異研究等。轉錄組學可以直接測定每個轉錄本單核苷酸分辨率的準確度。貴州宏轉錄學組分析

轉錄組學檢測范圍廣，高于6個數量級的動態檢測范圍。山東高通量轉錄組學分析

單細胞轉錄組學技術：10×genomics技術：首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段，DNA的片段由三部分組成：Barcode、UMI、PolyT組成。Barcode是16個堿基的長度。一共有400萬種Barcode，一個微珠是對應于一種Barcode，通過這400萬種Barcode，可以把凝膠微珠給區分開（通過barcode可以把cell分開）。UMI是一段隨機序列，也就是說每一個DNA分子，都有自己的UMI序列（一個微珠上有很多種UMI，通過UMI可以把RNA分子分開，并可以標記RNA分子的數量）。10個堿基長的UMI，有100萬種序列的變化（4^10=1,048,576），UMI的作用是為了區分哪些reads是來自于一個原始cDNA分子區分基因片段重復還是duplication及區分是真實的SNP位點還是PCR產生的突變。通過10×genomics儀器將單個細胞與單個凝膠微珠通過油相混在一起，形成油包水的小微滴。山東高通量轉錄組學分析

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