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哈爾濱常規(guī)靶向代謝組學方法

來源: 發(fā)布時間:2022-03-17

代謝組學發(fā)展前景:較低的費用,是促使代謝組學在臨床上易于接受的另一個原因。與其他“組學”研究相比,代謝組學的費用更低,研究人員可以通過代謝組學研究篩檢出代謝產(chǎn)物,然后采用更昂貴的基因組學和蛋白質(zhì)組學的方法對有意義的代謝產(chǎn)物進一步加以研究。首先,必須識別出代謝產(chǎn)物,這并不是簡單的工作。代謝組學研究比較大的挑戰(zhàn)就在于對代謝產(chǎn)物的識別,這也是比較有趣的方面,而更具挑戰(zhàn)性的工作,是進一步確認所有代謝物的功能。此外,質(zhì)譜分析發(fā)現(xiàn),代謝產(chǎn)物的同質(zhì)性不高,由于缺乏均勻性,使色譜分析變得更加困難,無法識別出樣品中的未知物質(zhì)。代謝組學的研究處于生物信息流的中游。哈爾濱常規(guī)靶向代謝組學方法

代謝組學需要多少的生物學重復?生物學重復指的是相同處理的相同類型的生物樣本的數(shù)量(如相同劑量給藥后2小時的小鼠采集并且相同儲存條件和處理方法血清樣本)。相較于基因和蛋白,代謝物處于生命活動的下游,收到環(huán)境和遺傳背景等因素影響較大,生物學重復少可能會放大組內(nèi)差異對于整體差異的影響,進而影響結(jié)果(如準確和足夠多的找出生物標志物)。因此根據(jù)不同的生物類型,需要不同的生物學重復來增加數(shù)據(jù)的可靠性和說服力。代謝組學的研究方法與蛋白質(zhì)組學的方法類似。上海動物靶向代謝組學研究方法代謝組學在生物信息的傳遞中起到承上啟下的作用。

GC-MS非靶向與代謝組學的關(guān)系?代謝組學是運用多種技術(shù)手段,研究生物體系中小分子代謝物(包括氨基酸、糖和磷酸糖、生物胺和脂質(zhì)等)的種類、數(shù)量及變化規(guī)律的科學,是系統(tǒng)生物學的重要組成部分。其中GC-MS非靶向代謝組學是對生物體內(nèi)源性代謝物進行系統(tǒng)全方面的分析平臺。氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用(GC-MS)技術(shù)因為其較為成熟、分辨率高、靈敏度高、重現(xiàn)性好,擁有大量標準質(zhì)譜圖數(shù)據(jù)庫的特點,被大量地運用在植物、動物、微生物的研究中。隨著信息科學和分析技術(shù)的發(fā)展,運用GC-MS非靶向代謝組學研究疾病機制和發(fā)現(xiàn)藥物靶點的方法日趨成熟,其重要性也日益凸顯。GC-MS非靶向代謝組學也在代謝性疾病等藥物靶點、疾病機制研究和藥物靶點發(fā)現(xiàn)中提供重要參考和啟示。

GC-MS非靶向代謝組學能檢測到哪些類別的代謝物?衍生化極大地拓展了GC/MS的檢測分析范圍。GC/MS能檢測到有機酸、氨基酸、單糖、糖醇、胺類、脂肪酸、吲哚、單甘油酯、核苷、二糖、生育酚、甾醇和膽汁酸等代謝物。如何提高定性準確度?GC/MS的定性有雙重標準,一是保留指數(shù),二是質(zhì)譜信息的相似度(similarity)。不同于LC/MS的軟電離源,GC/MS使用的EI源屬于硬電離,能量較強且穩(wěn)定,在將代謝物分子電離后,分子離子峰進一步碎裂產(chǎn)生豐富的碎片離子。因此,我們很難在GC/MS上看到分子離子峰。GC/MS提供的是代謝物的“指紋圖譜”,將儀器得到的實際指紋圖譜和質(zhì)譜庫(如NIST庫)進行比對后,我們將會得到一個叫相似度的指標。保留指數(shù)和相似度都必須滿足設定的閾值,軟件才會給出色譜峰的定性結(jié)果。然后采用標準品質(zhì)譜信息進行完全比對定性,也就是說只有經(jīng)過標準品比對,代謝物才是被100%定性。非靶向代謝組學(Untargeted metabolomics)即非目標代謝組學或發(fā)現(xiàn)代謝組學。

什么是非靶向代謝組學、靶向代謝組學?(1) 非靶向代謝組學(Untargeted metabolomics)即非目標代謝組學或發(fā)現(xiàn)代謝組學,無偏向性地對所有小分子代謝物(一般相對分子量小于1000)同時進行檢測分析的代謝組學。(2) 靶向代謝組學(Trgeted metabolomics)則為目標性代謝組學,著重對于設定好的目標代謝物進行定性、量檢測分析和研究。相比于其他組學,代謝組學有哪些特殊的優(yōu)勢?系統(tǒng)生物學有基因組學、轉(zhuǎn)錄組學、蛋白組學和代謝組學。代謝組學作為系統(tǒng)生物學的一個重要的分支,與其他組學相比有著其特有的優(yōu)勢,主要體現(xiàn)在以下幾點:(1) 基因與蛋白質(zhì)表達的微小變化會在相應代謝物水平上得到放大,更容易被檢測。(2) 代謝物的種類要遠小于基因和蛋白的數(shù)目。(3) 可與生物表型變化建立直接相關(guān)性。代謝組學是用來解決什么問題的?浙江個性化定制靶向代謝組學檢測價格

代謝組學技術(shù)可應用于功能基因組學。哈爾濱常規(guī)靶向代謝組學方法

代謝組學樣品收集方法及所需樣本量是什么?根據(jù)不同的檢測要求,需要配合不同的樣本量和樣本采集方法,常規(guī)的方法和單個樣本量如下:(1) 微生物和細胞樣本:細胞迅速猝滅細胞并冷凍保存;單個樣本細胞數(shù)量要求10^6。(2) 動物體液(如尿、血、組織、唾液):采樣后要迅速預處理,如加入抗凝血劑、防腐劑,并立即冷凍處理(-80 ℃);單個樣本要求體積為10μL。(3) 植物樣本:采集后迅速冷凍(液氮),然后轉(zhuǎn)入-80℃保存,單個樣本要求質(zhì)量為50mg。哈爾濱常規(guī)靶向代謝組學方法

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