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河南動物靶向代謝組學技術

來源: 發布時間:2022-03-07

代謝組學概念:代謝組學主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產物的小分子代謝物(MW<1000)。 在食品安全領域,利用代謝組學工具發現農獸藥等在動植物體內的相關生物標志物也是一個熱點領域。其樣品主要是動植物的細胞和組織的提取液。主要技術手段是核磁共振(NMR),質譜(MS),色譜(HPLC,GC),其中以NMR為主。通過檢測一系列樣品的NMR 譜圖,再結合模式識別方法,可以判斷出生物體的病理生理狀態,并有可能找出與之相關的生物標志物(biomarker)。代謝組學主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產物的小分子代謝物(分子量<1000)。河南動物靶向代謝組學技術

選擇代謝組學作為科研技術手段的優勢有哪些?代謝組學的研究處于生物信息流的中游,介于基因、蛋白質和細胞、組織之間,在生物信息的傳遞中起到承上啟下的作用。小分子的產生和代謝是基因表達的下游產物,生物體液的代謝產物分析能夠更直接,更準確的反映生物體的病理生理狀態。代謝物的種類少,大約在103個數量級,要遠小于基因和蛋白質的數據,物質的分子結構要簡單得多,分析起來更簡單明了。代謝組學的代謝物信息庫簡單,它遠沒有全基因組測序及大量表達序列標簽的數據庫那么復雜。基因和蛋白質表達的有效微小變化會在代謝物上得到放大,從而使檢測更容易。代謝產物在各個生物體系中都是類似的,所以代謝組學研究中采用的技術更容易在各個領域中通用,也更容易被人接受。河南GC-MS非靶向代謝組學定量分析代謝組學作為系統生物學的重要組成部分,在臨床醫學領域具有普遍的應用前景。

代謝組學的研究分為靶向和非靶向。通俗說就是你有沒有目標分子。傳統代謝組學研究利用的是GC-MS,因為代謝物大多數都不是高沸點的,而且GC-MS有龐大的數據庫檢索。然后發展的LC-MS差不多,就是克服了一些高沸點物質難以檢測的弊端。NMR用于代謝組學不是很多,一方面是NMR這個東西入行起點有點高,另一方面是樣品太復雜而且靈敏度不高。但是NMR樣品處理簡單,無損。不需要各種衍生化。而且NMR對于物質結構的指認要比MS更精確(比如異構體)因此對定性非常有用,成為非靶向代謝組學的重要方法。

GC-MS非靶向代謝組學能檢測到哪些類別的代謝物?衍生化極大地拓展了GC/MS的檢測分析范圍。GC/MS能檢測到有機酸、氨基酸、單糖、糖醇、胺類、脂肪酸、吲哚、單甘油酯、核苷、二糖、生育酚、甾醇和膽汁酸等代謝物。如何提高定性準確度?GC/MS的定性有雙重標準,一是保留指數,二是質譜信息的相似度(similarity)。不同于LC/MS的軟電離源,GC/MS使用的EI源屬于硬電離,能量較強且穩定,在將代謝物分子電離后,分子離子峰進一步碎裂產生豐富的碎片離子。因此,我們很難在GC/MS上看到分子離子峰。GC/MS提供的是代謝物的“指紋圖譜”,將儀器得到的實際指紋圖譜和質譜庫(如NIST庫)進行比對后,我們將會得到一個叫相似度的指標。保留指數和相似度都必須滿足設定的閾值,軟件才會給出色譜峰的定性結果。然后采用標準品質譜信息進行完全比對定性,也就是說只有經過標準品比對,代謝物才是被100%定性。代謝組學是要涉及研究每一個代謝組分的共性、特性和規律。

代謝組學可以檢測的樣品種類有哪些?代謝組學主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產物的小分子代謝物(分子量<1000)。其樣品主要是血漿或血清,尿液,唾液,以及細胞和組織的提取液。我們也和一些公司或單位(如茶葉公司、制酒公司、酸奶公司、醫院等)合作,做過植物,微生物提取物,腦脊液,昆蟲血淋巴,羊水,卵泡液,膝蓋滑液,眼淚,胎盤,糞便及腸道內容物提取液等。一般代謝組學能檢測出多少物質?同的質譜平臺靈敏度及偏向性都不一樣,而且不同平臺之間具有互補性。一般來說GC/MS檢測血清樣品能準確定性的物質約200個左右,檢測尿液樣品定性的物質約200個左右,其他樣品(如肝臟,糞便,腸道內容物)也在幾百這個數量級。如果采用全二維GC/MS,物質的數量要更多,可達1千以上。LC/MS檢測物質的數量要遠比GC/MS多,但能準確定性和定量的不多,視不同的平臺(TQ、QTOF等)能達到幾十至2-3百個物質。非靶向代謝組學無偏向性地對所有小分子代謝物(一般相對分子量小于1000)。哈爾濱LC-MS/MS非靶向脂質組學分析價格

代謝組學作為系統生物學的一個重要的分支,與其他組學相比有著其特有的優勢。河南動物靶向代謝組學技術

代謝組學樣本收集植物組織:葉片、莖、花:1)取整片葉片/一段莖/一朵花,放入離心管或錫箔紙中并標記,迅速放入液氮中冷凍處理至少15 min。2)將裝有樣本的離心管迅速放入自封袋中(每組一袋),在自封袋中放入標簽紙注明樣本信息。3)迅速放入-80 ℃冰箱凍存。足量干冰寄送。注意:(1)采集葉片樣本時,在中午光照好的時間收集。(2)采集樣本時保持樣本一致性,尤其是同一組樣本(顏色、衰老程度、葉脈占比、光照、位置等)。根:1)取整株植物的根部,迅速用PBS緩沖液或者超純水漂洗掉根上的泥土、培養基或營養液等;2)吸水紙吸干水分后,分裝為500 mg/管;3)標號后迅速放入液氮中冷凍處理至少15 min,-80 ℃凍存,干冰寄送。河南動物靶向代謝組學技術

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