LabelFree(非標記蛋白質組學技術)：應用：1.需要快速在大量樣本中找到差異表達的蛋白組合。2.需要在較短時間以較低成本得到具有提示意義的蛋白表達數據。3.需要檢測的樣品蛋白含量低。4.需要檢測相互作用蛋白。技術特點：1.對質譜儀器設備要求較高，色譜和質譜需要同時有較好的穩定性和重復性。2.需要有特殊的定量分析軟件。3.對樣品中蛋白質總量要求較低，實驗周期短，實驗費用低。4.不需要額外并且昂貴的標記試劑，排除了標記過程帶入實驗誤差的風險，同時也不必考慮標記效率的問題。質譜技術相較于傳統蛋白質鑒定技術而言，擁有靈敏、準確、高通量、自動化等特點。武漢修飾蛋白組學技術服務
定量蛋白質組學技術：TMT定量蛋白組學技術：TMT(TandemMassTags)定量蛋白質組學技術多肽體外標記定量技術。這種技術采用多個（2-10）穩定同位素標簽，特異性標記多肽的氨基基團進行串聯質譜分析，能夠同時比較多達10種不同樣本中蛋白質的相對含量，可用于研究不同病理條件下或者不同發育階段的組織樣品中蛋白質表達水平的差異。iTRAQ定量蛋白組學技術是多肽體外標記定量技術。這種技術同TMT定量蛋白組學技術相似，可研究不同病理條件下或者不同發育階段的組織樣品中蛋白質表達水平的差異。河南PRM靶向定量蛋白質組學費用定量蛋白質組學技術主要分為標記（label）和非標記（label free）定量策略。
PRM靶向蛋白組學：PRM技術是一種根據已知實測信息或質譜檢測規律的假定信息對樣品中的蛋白質進行靶向定量的技術。該技術主要應用儀器為QExactive系列質譜儀，首先以四極桿作為質量過濾器，特異性地選擇與預先設定質荷比相同的肽段離子（母離子）通過，隨后在高能碰撞池中碎裂母離子，之后通過Orbitrap分析碎片離子（子離子）得到肽段的二級質譜信息。四極桿的高選擇性離子過濾與Orbitrap高分辨率測量技術的結合使得PRM技術有很高的特異性，并且有效的降低了背景噪音，去除了干擾離子，提高了靈敏度。在確保數據質量的前提下，為了在一次分析中檢測更多的蛋白質，可用預置PRM（ScheduledPRM,sPRM）的方法，這種方法需要知道每個肽段的保留時間信息，使得每個肽段只在其洗脫時間窗口內執行PRM檢測，很大程度上提高了檢測效率，可同時檢測上百種蛋白質。PRM技術是目前應用較普遍的質譜蛋白質靶向定量技術。
Labelfree非標記定量蛋白質組學技術特點：（1）不需要標記處理，操作簡單，成本低、實驗周期短；（2）每個樣品單獨處理、上機；（3）可以做任意樣本的總蛋白質差異定量，樣品類型不受限制；（4）對單個樣品的蛋白總量要求相對較低，對于組織本身蛋白量不高，可以選擇Label-Free，適用于一些難收集樣品；（5）定性沒有問題，但是定量的準確性較標記定量稍差，會受到質譜穩定性等因素的影響；（6）適合于大樣本量的定量比較（大于24個樣本）。蛋白質組學在醫學的研究應用：蛋白質組學(Proteomics)是研究細胞、組織或生物體中蛋白質組成、定位、變化及其相互作用規律的科學。蛋白質組（Proteome）一詞，源于蛋白質（protein）與基因組（genome）兩個詞的組合。
蛋白質組的研究不但能為生命活動規律提供物質基礎，也能為眾多種疾病機理的闡明及攻克提供理論根據和解決途徑。通過對正常個體及病理個體間的蛋白質組比較分析，我們可以找到某些“疾病特異性的蛋白質分子”，它們可成為新藥物設計的分子靶點，或者也會為疾病的早期診斷提供分子標志。確實，那些世界范圍內銷路比較好的藥物本身是蛋白質或其作用靶點為某種蛋白質分子。因此，蛋白質組學研究不只是探索生命奧秘的必須工作，也能為人類健康事業帶來巨大的利益。蛋白質組學的研究是生命科學進入后基因時代的特征。iTRAQ定量是目前定量蛋白質組學應用比較普遍的技術。蛋白質定量組學報價
蛋白質組學在生物學領域的研究中的應用是怎樣的？武漢修飾蛋白組學技術服務
蛋白質組學發展趨勢：1、基礎研究方面：近兩年來蛋白質組研究技術已被應用到各種生命科學領域，如細胞生物學、神經生物學等。在研究對象上，覆蓋了原核微生物、真核微生物、植物和動物等范圍，涉及到各種重要的生物學現象，如信號轉導、細胞分化、蛋白質折疊等等。在未來的發展中，蛋白質組學的研究領域將更加普遍。2、應用研究方面：蛋白質組學將成為尋找疾病分子標記和藥物靶標比較有效的方法之一。在對早老性癡呆等人類重大疾病的臨床診斷和治理方面蛋白質組技術也有十分誘人的前景，目前國際上許多大型藥物公司正投入大量的人力和物力進行蛋白質組學方面的應用性研究。武漢修飾蛋白組學技術服務
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