轉錄組測序結果及TCGA數據庫分析）圖5RNA-Seq和m6A-seq聯合鑒定SOCS2是介導的m6A修飾的下游靶基因PLoSOne2015,在許多不同種類的RNA中，都已觀察到N6-腺苷(m6A)的甲基化，但其在microRNAs中還沒有被研究。研究者在FTO1C1,FTO2D4和FTO3C3細胞系中，通過敲除m6A甲基轉移酶FTO篩選到表達差異的microRNA,說明miRNA受m6A甲基化的調控。進一步通過MeRIP-Seq發現相當一部分的microRNA具有m6A修飾。通過motif分析，他們發現了區分甲基化和非甲基化microRNA的一致序列。該文章所述的表觀遺傳修飾在基因表達的轉錄調控的復雜性上增加了一個新的層次。圖FTO敲除對甲基化的miRNAs的穩定狀態的影響。參考文獻Y,DominissiniD,RechaviG,HeC:Geneexpressionregulationmediatedthroughreversiblem(6)(5):(1):(12):(6):(1):(1):(uridine)(41):(6)(7540):(1):(7481):(4):(6)A-LAIC-seqrevealsthecensusandcomplexityofthem(6)(8):UTRm(6)(4):(7544):(6)(6):(5):(7667):(2):"">panstyle="color:#f5c81c;">xiainducesthebreastcancerstemcellphenotypebyHIF-dependentandALKBH5-mediatedm(6)(14):"">panstyle="color:#f5c81c;">(40):(6)(3):(1):(1):(4):(11):。干貨分享 | 瓊脂糖核酸電泳，選擇紫外還是藍光？廣西科研技術服務服務

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m6A修飾圖譜構建及作用機制：通過m6A甲基化測序（MeRIP-Seq,miCLIP）構建疾病細胞模型或者發病組織的m6A修飾譜，分析m6A的motif,peaks數量及分布，Peak關聯基因的特征，聯合RNA-seq研究m6A甲基化與表達的關系。m6A研究思路方案一方案二研究案例1、.(IF=)為研究ALKBH5的m6A作用機制，作者利用芯片和m6A-seq篩選到膠質瘤增殖相關的FOXM1，通過qPCR、WB、免疫熒光、核質分離WB/qPCR、RIP和MeRIP等實驗證明ALKBH5通過去甲基化調節FOXM1在GSCs中的表達。為研究ALKBH5對FOXM1的作用是否受其他因子的調節，作者研究了FOXM1的鄰近基因，發現lncRNAFOXM1-AS與FOXM1序列互補，且共表達、共定位，進一步通過RIP,RNApulldown等實驗證明lncRNAFOXM1-AS促進ALKBH5和FOXM1初級轉錄本的相互作用。通過細胞實驗進一步驗證ALKBH5在lncRNAFOXM1-AS的作用下維持FOXM1的表達和細胞增殖，從而維持GSCs的干性。圖3ALKBH5敲除細胞中m6A修飾的特征和基因表達的變化2、RNAN6-methyladenosinemethyltransferaseMETTL3promoteslivercancerprogressionHepatology,2017.(IF=)表觀遺傳改變極大地促進了人類癥的發生。傳統的表觀遺傳研究主要集中在DNA甲基化，組蛋白修飾和染色質重構。近。

建議按照2×106每孔的數量將293T細胞均勻鋪入。(2)第二天：在24小時之內，觀察293T細胞的匯合度在90%~95%之間時，向其中加入DNA-脂質體復合體，DNA-脂質體復合體制備方法如下：a)輕輕混勻LipoMax，根據說明書加入相應量于500μlOpti-MEM無血清培養基中，混合均勻并置于室溫5分鐘。b)在500μlOpti-MEM無血清培養基中稀釋DNA，總質量為15μg按照載體質粒:psPAX2:=4:3:1的比例加入DNA。c)將稀釋后的LipoMax和稀釋后的DNA輕輕混勻，常溫靜置20分鐘，形成DNA-LipoMax復合體。(3)將DNA-LipoMax復合體輕柔地滴加至細胞培養皿中，輕輕搖晃培養皿混勻，放入細胞培養箱中培養。(4)病毒收集濃縮病毒：加入DNA-LipoMax復合體48小時后，收集病毒上清，同時加入10ml預溫的293T培養基到細胞培養皿中。將收集到的病毒上清存在4℃冰箱中;收集72小時病毒上清，與48小時病毒上清混在一起。將離心機溫度降溫到4℃，600g，離心5分鐘，去除其中的細胞碎片，上清液經μm濾頭過濾，加入病毒濃縮液，配制濃縮病毒液。將濃縮后的病毒放于4℃冰箱搖床上，旋轉過夜。第二天，4度離心機，3000~4000g離心15分鐘。棄掉上清液，加入1Xpbs或培養基重懸。盡管存在挑戰，動物疾病模型的發展前景仍然值得期待。

采用opti-MEM和Lipo3000分別轉染含有目的基因的pMSCV-eGFP、VSV、GAG質粒及對照載體，每皿加入脂質體-質粒轉染混懸液按購買脂質體相關說明書操作定量。繼續培養24h。2)24小時后，將培養基更換為新鮮的DMEM完全培養基，放進細胞培養箱繼續培養48~72h。3)48~72h后收集上層培養液，并過μm濾膜，采用ELISA法對所獲得的慢載體進行滴度測定。如不及時使用可以凍存于-80℃。3、慢轉染1)轉染前1天將細胞接種6孔培養板，時細胞的融合率約為50%，前需換液，加入1mLDMEM完全培養基。2)冰浴融化后加入相應體積的液及聚凝胺（Polybrene），混勻后放入37℃孵箱中繼續培養3)4h后補充1mL培養基，14h后換液（24h內換液即可）。4)72h后用倒置顯微鏡觀察熒光，監測效率，出現較多熒光時將等量的轉染細胞和未轉染細胞分別加入等濃度Puromycin（Puromycin或其他篩選濃度需要事先摸索）。5)待未轉染細胞全部死亡并且可觀察到滿意熒光量時，降低Puromycin濃度培養。也可以挑去單克隆細胞株進行進一步培養，以得到滿意的穩定表達目的基因的細胞株。6)使用qRT-PCR和Westernblot的方法檢測目的基因的表達量和蛋白水平是否顯著提高。7)由此可得三組細胞株：a.正常細胞株；b.空載載體的細胞株。原代心肌細胞培養傳代。天津實驗科研技術服務購買

細胞轉染又分為瞬時轉染和穩定轉染，瞬時轉染是指外源基因進入受體細胞后.廣西科研技術服務服務

RNA各種可逆的化學修飾被認為是一種新的表觀遺傳調控方式。m6A是真核生物mRNA常見的化學修飾，在調控mRNA穩定性，剪切和翻譯方面具有重要的作用。作者使用轉錄組測序發現了METTL3（甲基轉移酶3），一種主要的RNAN6-腺苷-甲基轉移酶，在人肝細胞（HCC）和多種實體中高表達。在臨床上，METTL3的過度表達與肝細胞患者不良預有關。體外實驗證明敲除METTL3會抑制HCC細胞增殖，遷移及克隆形成。體內實驗證明敲除METTL3會明顯抑制HCC體內成瘤和肺轉移。另外，使用CRISPR/dCas9-VP64系統，內源性高表達METTL3會促進HCC細胞在體外和體內生長。通過轉錄組測序、m6A-Seq、MeRIP-PCR，作者確定了SOCS2（細胞因子信號2的抑制因子）作為METTL3介導的m6A修飾的下游靶基因。敲除METTL3表達會消除SOCS2mRNAm6A修飾并增強SOCS2mRNA表達。m6A介導的SOCS2mRNA降解是依賴于m6A“讀取器”蛋白YTHDF2。總之，METTL3在HCC大部分高表達中,并通過m6A-YTHDF2依賴機制抑制SOCS2表達從而促進HCC進展。因此，作者發現了在肝發生過程中表觀遺傳改變的一種新機制。圖4RNA甲基化轉移酶METLLT3在肝組織中高表達。廣西科研技術服務服務